De la plus récente étude de l'Agence européenne pour l'environnement en 2014 résulte que les Slovaques respirent ensemble avec les Bulgares, les Tchèques, les Hongrois et les Polonais l'air le plus mauvais en Europe. Celui-ci est pollué avant tout par la circulation et par les énergies. Les pollueurs importants en Slovaquie sont également les usines chimiques et agroalimentaires. Selon les résultats des recherches effectuées, la Slovaquie se trouve dans une région présentant le plus haut niveau de pollution atmosphérique et d'acidité des pluies en Europe.
La Slovaquie figure parmi les pays les plus affectés par des pollutions dues à des matières toxiques de PCB (polychlorobiphényles). Les PCB ont une longue durée de vie dans la nature et peuvent être transportés sur de grandes distances en altèrant l'environnement. Ceux-ci sont des substances très peu biodégradables qui, après rejet dans l'environnement, s'accumulent dans la chaîne alimentaire. Ces composés se retrouvent ainsi dans tous les milieux de l'environnement : air, sol, eau, sédiments, mais aussi après transfert, dans les plantes, les animaux et chez l'homme. Des effets chroniques entraînent des altérations du foie, agissent sur la reproduction et la croissance. Les PCB sont classés en tant que substances probablement cancérigènes pour l'homme.
Les environs de Zemplin, Michalovce, Sirava, Strazske en Slovaquie sont contaminés par les PCB par suite de la production intensive, démesurée et sans dispositif de précaution, dans les années 60-80. L'usine d'industrie chimique Chemko Strážske s'est classée dans le passé au rang de producteur important du PCB dans le monde. Durant 25 ans, l'usine a produit des milliers de tonnes de ces matières. Ce n'est seulement qu'ultérieurement que leur haut degré de toxicité a été révélé et il a fallu alors éliminer convenablement non seulement les déchets industriels provenant de la production mais aussi les vieux équipements et la matière elle-même des milieux contaminé. Actuellement, cette région est cataloguée comme l'une des plus contaminées au monde.
La qualité de l'atmosphére ambiant est mesurée en détail par l'Institut hydrométéorologique. Au cours des 20 dernières années la Slovaquie a enregistré une baisse des émissions de pratiquement toutes les matières polluantes. La production des métaux lourd a baissé considérablement, les oxydes de sulfure n'ont pas dépassé les limites déterminées par la directive de l'UE. Maros Stano, porte-parole du ministère de l'environnement admet cependant que si les émissions des métaux lourds ont baissé jusqu'à l'année 2000, actuellement leur présence est influencée par la croissance des émissions provenant des sources énergétiques. Font partie des émissions solides, les particules de poussière et ce sont surtout ceux-ci qui provoquent de grands problèmes sur la santé. Selon les statistiques du Centre national des informations sanitaires , en 2013, environ 250 000 Slovaques ont souffert de maladies étant liées à cette pollution, allant de l'asthme jusqu'au cancer. Pour les localités les plus polluées, le ministère de l'environnement mène des programmes pour l'amélioration de la qualité de l'atmosphére. Il s'agit des directives plus sévères imposées aux pollueurs, ainsi que des mesures prises dans le domaine de circulation. La limitation ou l'arrêt de l'extraction ou de la combustion du charbon n'est plus une question économique ou écologique mais repose sur la décision politique difficile à prendre qui pèsera sur l'un des prochains gouvernements.
