Selon l'Institut pour les réformes économiques et sociales, la Slovaquie fait partie des pays où la réglementation des prix des médicaments est la plus stricte de l'Union européenne et où les prix des médicaments sont les plus bas officiellement déterminés. La perte évitée devrait être l’indisponibilité de certains médicaments sur le marché. La Chambre slovaque de pharmacie attire également l'attention sur les ruptures de stock. En effet, les pharmaciens sont en première ligne face au problème de l'indisponibilité des médicaments et sont confrontés au mécontentement des patients, en particulier de ceux qui achètent leurs médicaments à l'étranger et se demandent à juste titre pourquoi ils ne sont pas disponibles en Slovaquie. Est actuellement constaté une pénurie de certains types d'antibiotiques, de vaccins et de médicaments contre les maladies du système cardiovasculaire ou neurologique. La plupart de ces médicaments ont leur propre alternative. Ainsi, même s'il manque un produit spécifique, il peut être recommandé une alternative générique au patient.
Outre diverses interruptions mondiales de production ou de distribution, l'Institut pour les réformes économiques et sociales attire l’attention sur le fait que l'indisponibilité peut être causée par le système de détermination des prix des médicaments parmi le plus bas de toute l’UE. Effectivement, la Slovaquie, contrairement à de nombreux autres pays, n'autorise pas les augmentations de prix, même si les prix de référence dans d'autres pays augmentent. La conséquence est que le marché slovaque est peu attirant et relativement restreint pour les fournisseurs de médicaments, la Slovaquie étant très souvent un pays de référence pour déterminer les prix dans les autres pays de l’UE.Néanmoins, le ministère de la Santé a déclaré qu'il préparerait des mesures visant à rendre le marché slovaque plus attractif pour les fabricants.
